Supercrunch

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On 28.10.2020
Last modified:28.10.2020

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GfK stellt Marke Supercrunch ein

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SuperCRUNCH offers the option to select a best representative sequence for each taxon, or to retain all filtered sequences for each taxon.

These options allow the user to generate species-level supermatrix datasets one sequence per species per locus or population-level datasets multiple sequences per species per locus.

In addition, SuperCRUNCH can identify voucher codes present in sequence records and link samples in phylogeographic datasets through correct labeling.

SuperCRUNCH is scalable and can be used to assemble a variety of datasets, ranging from small population-level datasets one taxon, one gene to large phylogenomic datasets with thousands of loci such as UCEs or other sequence capture datasets.

SuperCRUNCH was intended to be transparent, objective and repeatable, and provides meaningful output at every step to help guide user decisions.

In addition, it is modular in design and various components of SuperCRUNCH can be easily incorporated into other custom bioinformatics workflows.

The article is available here , and the pre-print is available on BioRxiv here. These modules are available in the supercrunch-scripts folder.

They can be downloaded and executed independently without the need to install SuperCRUNCH as a Python package or library, making them easy to use and edit.

The scripts function independently, and do not require being contained or used in the same directory. There are several external dependencies that should be installed prior to use of SuperCRUNCH if you plan to use all the available modules, including:.

Helpful installation instructions for these dependencies can be found on the Installation Instructions wiki. Please note that some modules do not require any dependencies.

If you plan to use only a subset of modules you can quickly check which modules require dependencies here. This section outlines all major topics and navigates to detailed instructions for each step, including usage for all modules, proposed workflows, and common issues.

Each tutorial includes all data and instructions necessary to replicate the analysis. The tutorials include:. For complete version history please see the change log file.

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